Fundada em 19 de Março de 1852, sua história inicia-se com o desbravamento e a ocupação do solo do sertão paulista, em meados do século 19. A partir de 1840, mineiros fixaram-se e deram início à exploração agrícola e à criação de animais domésticos.

Em 1852, Luiz Antônio da Silveira doou parte de suas terras ao seu santo protetor, São José, para que o patrimônio desse origem a uma cidade. Em 19 de março de 1852, João Bernardino de Seixas Ribeiro — o fundador de São José do Rio Preto — que já tinha construído uma casa de sapé nas terras do patrimônio, liderou os moradores das vizinhanças que ergueram um cruzeiro de madeira e edificaram uma pequena capela para as funções religiosas. Em 20 de março de 1855, o então Bairro de Araraquara foi elevado à categoria de Distrito de Paz e de Polícia.

Em 1867, o Visconde de Taunay, ao retornar da Guerra do Paraguai, pernoita no vilarejo e registra em seu diário o estado precário em que o mesmo se encontra. No dia 21 de março de 1879, quando fazia parte do município de Jaboticabal, a capela de São José é elevada à Freguesia.

Em 19 de julho de 1894, São José do Rio Preto é desmembrada de Jaboticabal, transformando-se em Município, pela Lei n° 294. Era um imenso território, limitado pelos rios Paraná, Grande, Tietê e Turvo, com mais de 26 mil km² de superfície.

Em 1904 é criada, pela Lei n° 903, a Comarca de Rio Preto. A partir de 1906 a cidade tem seu nome reduzido para Rio Preto. Somente em 1945 retoma o nome original de São José do Rio Preto. Com a chegada da Estrada de Ferro Araraquarense (EFA), em 1912, a cidade assume o seu destino de pólo comercial de concentração de mercadorias produzidas no então conhecido "Sertão de Avanhandava" e de irradiação de materiais vindos da capital.

Foram três os líderes que se destacaram na criação do município: Pedro do Amaral Campos, João Bernardino de Seixas Ribeiro e Adolfo Guimarães Correia.

A origem do nome do município vem da junção do padroeiro da cidade — São José — e do rio que corta o município, o Rio Preto.

O primeiro prefeito, à época Intendente, foi nomeado em 1894.